Po zakończeniu II wojny światowej ewangelickie obiekty sakralne zaczęto przejmować na potrzeby wiernych innych wyznań. Proces ten postępował niezwykle szybko, a podstawowym argumentem było twierdzenie, że Kościół ewangelicko-augsburski miał przede wszystkim wyznawców pochodzenia niemieckiego, którzy w większości opuścili tereny Ziem Zachodnich. Podobnie rzecz miała się w Zielonej Górze. Większość świątyń i budynków ewangelickich przejęli katolicy, prócz jednego – wybudowanej w 1927 roku ewangelickiej kaplicy pomocniczej i domu modlitewnego przy dawnej Hohlweg 5b (dziś ul. Partyzantów 6).
Budynek decyzją Wojewódzkiej Rady Narodowej został przekazany na potrzeby nowo tworzonej cerkwi prawosławnej organizowanej przez ks. Mikołaja Pronińskiego. Decyzja ta spowodowana była faktem, iż wyznawcy prawosławia po zakończeniu wojny nie mieli swojego miejsca modlitewnego i spotykali się w prywatnych mieszkaniach.
Pierwsi prawosławni w Zielonej Górze znaleźli się bezpośrednio po zakończeniu II wojny światowej, a ich liczba zdecydowanie się zwiększyła po akcji “Wisła”. Stąd starania ks. Pronińskiego o zorganizowanie placówki duszpasterskiej skutkujące pozyskaniem dawnej ewangelickiej kaplicy. Ikonostas oraz inne przedmioty do sprawowania mszy zostały przywiezione z nieczynnej cerkwi w Błahotnoje-Biskupicach. Wierni we własnym zakresie przywozili do cerkwi ikony zabrane podczas wysiedleń lub później wyjeżdżali w rodzinne strony i zabierali je z opuszczonych cerkwi.
Pierwsze nabożeństwo odbyło się 8 września 1948 roku i odprawił je ks. Proniński. W dniu 5 czerwca 1949 roku odbyło się uroczyste poświęcenie kaplicy, którego dokonał ordynariusz wrocławski biskup Michał Kiedrow. Wówczas to parafia otrzymała za swojego patrona św. Mikołaja Cudotwórcę.
Wieloletnim proboszczem parafii (1989-2006) był ks. Antoni Habura – honorowy obywatel Zielonej Góry, opiekun duchowy Bractwa Młodzieży Prawosławnej diecezji wrocławsko-szczecińskiej. Obecnie proboszczem jest ks. Andrzej Dudra.
Cerkiew była wielokrotnie remontowana: wymieniano stolarkę okienną, instalację elektryczną oraz wymieniano pokrycie dachu. Od 2010 roku cerkiew jest przebudowywana. W latach 2014-2015 umieszczono kopuły zwieńczone krzyżami. Prace remontowe w Cerkiew Zielona Góra trwają do dziś.
Przy pisaniu niniejszego tekstu wykorzystano zapisy kroniki cerkiewnej zielonogórskiej parafii udostępnione przez śp. Antoniego Haburę wykorzystane przy pisaniu mojej pracy konkursowej pt. “Historia zielonogórskiej parafii prawosławnej 1950-1998”.
Tekst i materiał ikonograficzny:
dr Grzegorz Biszczanik – historyk, filokartysta, znawca dziejów Zielonej Góry.